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1905年，于右任、邵力子等原震旦公学学生脱离震旦，拥戴马相伯在吴淞创办复旦公学。校名撷取自《尚书大传•虞夏传》“卿云烂兮，纠缦缦兮；日月光华，旦复旦兮”两句中的“复旦”二字，本义是追求光明，寓含自主办学、复兴中华之意。马相伯、严复等先后担任校长。1913年李登辉开始担任校长，一直到1936年。在他长达23年的校长任内，复旦发展成为一所以培养商科、经济、新闻、教育、土木等应用型人才闻名的、有特色的私立大学，形成了从中学到研究院的完整的办学体系。
1937年抗日战争爆发后，复旦部分师生在吴南轩校长带领下，辗转内迁重庆北碚（渝校）。1941年增设了农学院。经国民政府行政院批准，1942年元旦复旦由私立改为国立，全称为国立复旦大学，吴南轩、章益先后出任校长。1946年夏，渝校迁回上海江湾原址，与沪校合并，学校的规模进一步扩大。
1949年6月，上海市军管会接管复旦。军管会任命张志让、陈望道担任校务委员会正副主任委员。1952年2月，中共复旦大学委员会成立，李正文任书记。1952年8月至9月，华东地区进行院系大调整，复旦大学成为人文社会和自然科学的全国重镇，奠定了后50年学科发展的基本格局和师资基础。
1954年，杨西光出任复旦大学党委书记。1956年复旦第一次党代会召开。五六十年代，杨西光、王零领导的学校党委支持校长陈望道狠抓教学质量，充分发挥老专家、老教授的作用，有计划、有重点地系统培养中青年骨干教师。期间，复旦的办学质量和办学条件都有瞩目的长足发展，形成了有特色的学科高原。1949—1966年，复旦培养的学生中有70余人日后当选为中国科学院或中国工程院院士，这个人数在全国高校中名列第三。
1958年“大跃进”，复旦大学理科新建了计算数学、力学、原子核物理、放射化学、无线电电子学、生物物理、生物化学等新专业。此前，文科重建了法律系、哲学系。这些新专业的创建，标志着复旦开始探索有自己特色的社会主义综合大学之路。1959年，复旦大学被列为全国16所重点大学之一。1966年到1976年，复旦大学成为“文革”的重灾区，教学科研受到重创。
1977年，复旦大学恢复招收本科生，次年恢复招收研究生。1978年，苏步青出任校长、党委委员，夏征农出任党委第一书记，进行了一系列拨乱反正工作，同时倡导民主办校，推动思想解放运动。1983至2011年，谢希德、华中一、杨福家、王生洪、杨玉良先后出任校长，盛华、林克、钱冬生、程天权、秦绍德、朱之文先后出任党委书记。
1984年，复旦大学成立研究生院。同年，再次被国务院批准为国家重点建设的10所高校之一。1993年2月，复旦大学提出了“追求优质，争创一流，明确复旦作为高校国家队的坐标位置”的发展大计，并逐步确立“建设世界一流大学”的总体奋斗目标。
1994年，复旦大学通过由国家教育部组织的“211工程”部门预审，提出了在21世纪初期，将复旦大学建设成为高层次人才培养、高水平科学研究、高科技成果转让和高规格决策咨询的中心和基地，成为学术思想活跃、学科特色鲜明、综合实力雄厚、精神面貌健康奋发、与上海国际化大都市地位相称的、具有世界一流水平的社会主义综合大学的总体奋斗目标，为此后十年制定了发展蓝图。1995年5月22日，中共中央总书记江泽民为复旦大学题词：“面向新世纪，把复旦大学建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学。”
1999年国家教育部、上海市政府签定共建复旦大学的协议，复旦成为“985工程”的首批建设高校。2000年4月27日，复旦大学与上海医科大学强强联合，成立新的复旦大学。
2005年复旦大学百年华诞。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛发来贺信，希望复旦大学发扬优良传统，不断开拓创新，努力建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学，为建设中国特色社会主义伟大事业培养更多德才兼备的高素质人才，为全面建设小康社会、实现中华民族的伟大复兴作出新的更大的贡献。
